BoBoiBoy Galaxy terdiri daripada dua musim yang menceritakan pengembaraan BoBoiBoy dan rakan-rakannya selepas mereka meninggalkan bumi untuk menjelajah galaksi. Musim pertama disiarkan dari 2016 hingga 2017, yang mengandungi 13 episod. Dalam musim ini, BoBoiBoy dan pasukannya, termasuk Yaya, Gopal, Fang, dan Ying, pergi ke planet-planet yang berlainan dalam galaksi untuk mencari dan melindungi Sfera Kuasa, iaitu objek yang dapat memberikan kuasa yang sangat besar. Mereka berhadapan dengan musuh-musuh baru yang datang dari pelbagai sudut galaksi, termasuk pemburu kuasa yang berusaha mendapatkan kuasa luar biasa dari Sfera Kuasa tersebut. Sepanjang pengembaraan, mereka berdepan dengan cabaran-cabaran yang menguji kerjasama dan kekuatan setiap ahli pasukan. Musim kedua disiarkan dari 2018 hingga 2020, juga dengan 13 episod. Dalam musim ini, cerita menjadi lebih mendalam dengan BoBoiBoy yang semakin matang dan kuasanya semakin kuat. Mereka berhadapan dengan ancaman yang lebih besar, termasuk musuh yang lebih kuat dan canggih. Pada musim ini, BoBoiBoy menyedari kuasa sebenar dirinya melalui bentuk baru dan lebih berkuasa, dan dia juga belajar banyak tentang tanggungjawab sebagai penjaga Sfera Kuasa. Beberapa watak baru diperkenalkan, termasuk pihak yang cuba menguasai galaksi dan mengancam keselamatan seluruh alam semesta.